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最終更新日：2021年10月22日
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所長以下、次のような組織となっています。
| 所長 | 研究所の統括 |
|---|---|
| 事務 |
|
| 感染症部 |
|
| 生活科学部 |
|
| 1912年（明治45年） | 5月 | 市立東山病院内に、市立衛生試験所設置 |
|---|---|---|
| 1935年（昭和10年） | 9月 | 葺合区野崎通8丁目（万国病院隔離病舎跡）に移転 |
| 1942年（昭和17年） | 4月 | 市立衛生試験所は、都市生活科学研究所（葺合区野崎通）と細菌検査室（東山病院内）の2ヶ所に分離 |
| 1948年（昭和23年） | 9月 | 神戸市衛生局防疫課細菌検査所となる |
| 1949年（昭和24年） | 4月 | 厚生省地方衛生研究所設置要網に基づき神戸市立衛生研究所に改称し、市防疫課に所属 |
| 1958年（昭和33年） | 10月 | 市立中央市民病院内（生田区加納町1丁目）に新築移転 |
| 1973年（昭和48年） | 4月 | 神戸市環境保健研究所に改称 |
| 1981年（昭和56年） | 3月 | 現在地（中央区港島中町4丁目）に新築移転 |
| 1995年（平成7年） | 1月 | 阪神・淡路大震災による被災 |
| 1996年（平成8年） | 4月 | 局統合のため衛生局環境保健研究所から保健福祉局環境保健研究所となる |
| 1997年（平成9年） | 1月 | 震災復旧工事開始 |
| 1998年（平成10年） | 3月 | 復旧工事完了 |
| 4月 | 病理部を廃止し企画情報部を設置 疫学部を寄生体部に、公害検査部を環境化学部に名称変更 | |
| 2003年（平成15年） | 4月 | 細菌部と寄生体部を統合し、微生物部に名称変更 庶務係を事務係に名称変更 |
| 2009年（平成21年） | 5月 | 新型インフルエンザ発生（PCR検査） |
| 2011年（平成23年） | 6月 | 中央市民病院移転に伴う熱源等改修工事終了 |
| 2013年（平成25年） | 4月 | 企画情報部を廃止し、その業務を事務係へ移行 環境化学部を食品化学部に統合し、生活科学部に名称変更 微生物部を感染症部に名称変更 |
| 2014年（平成26年） | 3月 | エレベーター・受変電設備更新 |
| 2015年（平成27年） | 3月 | 屋外給排水設備改修工事終了 |
| 8月 | 高度安全実験室他改修工事終了 | |
| 2016年（平成28年） | 8月 | 耐震補強・外壁改修工事終了 |
| 2017年（平成29年） | 3月 | ドラフトⅠ期改修、貯湯槽1基更新 |
| 2018年（平成30年） | 3月 | ドラフト改修完了 |
| 2019年（平成31年） | 3月 | 中和槽更新、重金属処理装置撤去 |
| 2020年（令和2年） | 3月 | 新型コロナウイルス発生（PCR検査・ゲノム解析） |
| 8月 | 機械設備改修工事（5 階他一部終了） | |
| 2021年（令和3年） | 2月 | 火災報知設備更新工事完了 |
| 4月 | 神戸市環境保健研究所から神戸市健康科学研究所に名称変更 |